Taxrefmatch et cd_nom

Pour que les données naturalistes puissent être partagées et échangées, chaque taxon est associé à un identifiant numérique unique : le cd_nom.
Or les relevés de terrain sont faits avec un nom : il faut donc retrouver le cd_nom correspondant. Taxrefmatch le fait pour vous, et LibreOffice permet de l'appliquer à tout un tableau.

Afin que les données naturalistes puissent être partagées et échangées, chaque taxon est associé à un identifiant numérique unique qui s'appelle le cd_nom. Ce numéro est extrêmement important puisqu'il permet de suivre les observations indépendemment des changements de noms, d'orthographe, de taxonomie.

Or, de façon générale, les relevés naturalistes sont faits en utilisant un nom. Il faut donc leur associer un cd_nom.

Taxrefmatch est un outil qui permet à partir d'un nom scientifique de taxon de retrouver le cd_nom associé, et donc l'ensemble de ses propriétés (nom scientifique valide, niveau taxonomique etc...).

En combinant taxrefmatch et les formules disponibles sur LibreOffice/Excel il est possible d'automatiser et de simplifier le processus associant à chaque nom de taxon saisi un cd_nom correct et unique.

Le principe

Le processus se fait en trois étapes :

Étape	Ce qu'on fait	Outil
1. Lister	Récupérer la liste des noms de taxons observés, sans doublons	LibreOffice Calc / Excel
2. Faire correspondre	Obtenir le cd_nom de chaque nom	Taxrefmatch
3. Appliquer	Associer un cd_nom à chaque observation	LibreOffice Calc / Excel (`RECHERCHEV`)

Toujours vérifier les résultats

Un outil automatique comme Taxrefmatch se trompe parfois.
Relisez les correspondances avant de les utiliser, pour ne pas introduire d'erreurs dans les relevés.

Situation de départ

Vous avez un tableau d'observations, par exemple observations.csv :

Date	Observateur	Taxon	x	y
12/10/2016	Paul Bismut	Nicrophorus vespilloides	7.070697	44.204141
10/12/2016	Serge Plouf	Cossus cossus	7.020686	44.188697
16/10/2012	Jean-Paul Pierre	Glomeris klugii	7.10808	44.207472
...	...	...	...	...

Il manque le cd_nom pour pouvoir enregistrer ces observations en base de données. D'autres informations peuvent aussi s'ajouter : le déterminateur, les effectifs, la méthode d'observation...

Étape 1 : lister les taxons sans doublons

Créez un nouveau fichier input-taxrefmatch.csv.
Copiez la colonne des noms de taxons de observations.csv dans la première colonne du nouveau fichier.
Sur LibreOffice :
- Cliquez sur Données > Plus de filtres > Filtre standard....
- Dans la boîte de dialogue :
  - réglez le premier nom de champ sur - aucun - ;
  - cochez Sans doublon ;
  - cochez Copier les résultats vers et choisissez une cellule vide.
Sur Excel :
- Cliquez sur Données > Avancé (dans l'emplacement des Filtres)
- Dans la boîte de dialogue :
  - Filtrer la liste sur place doit être coché
  - La plage correspond à la colonne sélectionnée
  - Cochez extraction sans doublon

Vous obtenez la liste de chaque taxon une seule fois.

Étape 2 : passer par Taxrefmatch

Méthode automatisée : Taxref Matcher du Mercantour

Cliquez sur Upload pour récupérer les cd_nom de votre fichier fraichement anti-doublonné.

Mettre au format Taxrefmatch

Le fichier envoyé à Taxrefmatch a trois colonnes :

	`nom_complet`	`classification`	`fk`
Contenu	Le nom du taxon	Les taxons supérieurs, séparés par des virgules (voir la documentation Taxrefmatch)	Un identifiant libre
Obligatoire	OUI	Non, mais aide à départager	Non, on peut la laisser vide

Exemple :

nom_complet	classification	fk
Helix lapicida Linnaeus, 1758	mollusca,gastropoda,helicidae
Cyclops minutus O.F. Müller, 1776

Commencez simple

Un premier essai avec la colonne classification vide est possible. Certaines correspondances peuvent alors échouer ou être fausses : on complète ensuite pour celles-là.

Enregistrer et envoyer

Enregistrez le fichier en CSV, en choisissant le point-virgule comme séparateur de champ ; format CSV UTF-8 (délimité par des virgules) dans Excel

Sous LibreOffice

Sous Excel
Envoyez-le sur Taxrefmatch.

Le séparateur compte

Avec une virgule ou une tabulation, Taxrefmatch ne lit pas les colonnes correctement.

Étape 3 : récupérer les cd_nom dans le tableau

Préparer le fichier de résultats

Taxrefmatch fournit un fichier résultats.csv : renommez-le en taxrefmatch.csv.
Ouvrez-le et renommez sa première feuille en taxrefmatch.
Relisez-le et corrigez-le si besoin. Quand Taxrefmatch propose plusieurs options pour un même taxon, supprimez les lignes erronées.
Dans observations.csv, créez une nouvelle colonne cd_nom.

Écrire la formule

La formule RECHERCHEV de LibreOffice ou Excel prend la valeur d'une cellule, la cherche dans la première colonne d'une plage, et renvoie la valeur d'une autre colonne sur la même ligne. Ici : elle cherche le nom du taxon dans taxrefmatch.csv et renvoie son cd_nom.

=RECHERCHEV(A ; B ; C ; D)

Élément	À remplacer par	Pour notre cas
A	La cellule qui contient le nom du taxon saisi	`E2`
B	Le chemin vers `taxrefmatch.csv`, puis la feuille et la plage de données	voir ci-dessous
C	Le numéro de la colonne à renvoyer dans la plage	`4` (le cd_nom est la 4ᵉ colonne, si la plage va du nom au cd_nom)
D	Le mode de recherche	`0` (correspondance exacte)

Le paramètre B s'écrit de cette façon :

'file:///C:/Users/prenom.nom/Documents/taxrefmatch.csv'#$taxrefmatch.$A$1:$D$99

Partie	Rôle
`'file:///C:/Users/.../taxrefmatch.csv'`	Le chemin vers le fichier, entre apostrophes, avec des `/`
`#$taxrefmatch`	Le nom de la feuille, précédé de `#$`
`.$A$1:$D$99`	La plage de données où chercher. Les `$` verrouillent la plage pour copier la formule sans la décaler : appuyez sur `F4` lorsque le curseur est sur 'A1' et 'D99' pour écrire les $ à votre place

Exemple complet

=RECHERCHEV(E2;'file:///C:/Users/prenom.nom/Downloads/taxrefmatch.csv'#$taxrefmatch.$A$1:$D$62;4;0)

Étendre la formule et la figer

Etendre : copiez la formule sur toute la colonne cd_nom : cliquer/glisser ou copier/coller.
Figer : les cd_nom deviennent des nombres fixes, qui ne dépendent plus du fichier taxrefmatch.csv
- Sur LibreOffice : sélectionnez la colonne cd_nom, puis Données > Calculer > Formules en valeurs.
- Sur Excel : copier toute la colonne cd_nom, coller là à côté, cliquez sur la flèche d'Options de collage et sélectionnez Valeurs uniquement (raccourci Ctrl puis V): cette nouvelle colonne est indépendante, vous pouvez supprimer la colonne de départ.

Certaines correspondances peuvent avoir échoué

Vérifiez les cases en erreur (#N/A). Dans ce cas :

réessayez en complétant autrement la colonne classification avant de soumettre à Taxrefmatch ;
ou complétez à la main depuis le site de l'INPN.

Bonnes pratiques

Réflexe	Pourquoi
Garder une copie de `observations.csv` d'origine	On peut recommencer en cas d'erreur
Relire `taxrefmatch.csv` avant la formule	Les homonymes et les doublons faussent les cd_nom
Convertir les formules en valeurs	Le fichier reste valable si `taxrefmatch.csv` est déplacé
Contrôler quelques lignes à la main	Un résultat qui « s'affiche » n'est pas forcément correct
Séparateur `;` pour tous les CSV	Évite les colonnes mal découpées

En cas de problème

Symptôme	Cause probable	Solution
`#N/A` dans la colonne `cd_nom`	Le nom n'est pas dans `taxrefmatch.csv`, ou n'est pas écrit à l'identique	Vérifiez l'orthographe, les espaces en trop, et la ligne dans `taxrefmatch.csv`
`Err:502` ou `#REF!`	Chemin du fichier ou nom de feuille incorrect	Vérifiez le chemin (`/`, apostrophes) et le nom de la feuille (`taxrefmatch`)
La formule renvoie un mauvais cd_nom	Colonne `C` mal choisie, ou doublons dans `taxrefmatch.csv`	Contrôlez que `C` = `4`, et supprimez les lignes erronées
Taxrefmatch ne lit pas mon fichier	Mauvais séparateur de champ	Réenregistrez en CSV avec le point-virgule
La plage s'est décalée en copiant la formule	`$` oubliés dans la plage	Écrivez `$A$1:$D$99`, pas `A1:D99`
Les cd_nom disparaissent à la réouverture	Formule non convertie, fichier source déplacé	Formules en valeurs avant de fermer
Taxrefmatch propose plusieurs taxons	Nom ambigu	Supprimez les lignes erronées, ou précisez la `classification`